Pembiasaan yang diterapkan di PG – TK – SD Khazanah Ilmu adalah pembiasaan berbahasa asing (Arab dan Inggris), Pembiasaan Karakter Islami dan Pembiasaan Beribadah.

• Pembiasaan berbahasa asing ini meliputi program praktik berbahasa Arab dan Inggris yang dilakukan saat penyambutan kedatangan siswa-siswi, saat 30 menit sebelum pembelajaran dengan modul buku saku Arab dan Inggris, serta program kerjasama dengan AIESEC yang akan melakukan pendelegasian pengajar bahasa asing dari berbagai negara sebagai upaya penguatan berbahasa asing bagi guru dan siswa.
• Pembiasaan karakter islami ini adalah wujud penerapan program pendidikan karakter dari Kementerian Pendidikan yang meliputi karakter, religius, nasionalis, mandiri, gotong royong dan integritas.
• Pembiasaan ibadah di Institusi Khazanah Ilmu adalah program pembiasaan ibadah yang dilaksanakan setiap harinya dengan kegiatan-kegiatan meliputi kegiatan BTQ dengan metode tilawati, hafalan Al-Qur’an, Hadist dan do’a-do’a, Sholat Dhuha, Sholat Dhuhur dan Ashar berjamaah, Adzan dan Imam Sholat, Kegiatan Kultum setelah Sholat serta kegiatan Sholat Jum’at di sekolah dengan petugas Khatib dan Imam adalah dari peserta didik sendiri (Khusus SD Kelas 3 dan 4). Sedangkan peserta didik SD Kelas 5 dan 6 melaksanakan Sholat Jum’at di Masjid bersama para Ustadz